Revista de biomarcadores Acceso abierto

Abstracto

Análisis bioinformático de genes expresados ​​diferencialmente y su enriquecimiento funcional en leucemia mieloide aguda portadora de translocación MLL

Yongjin Tang, Jinyuan Zheng, Xiaomeng Fu, Yang Chen y Donghong Lin

Antecedentes: Las translocaciones cromosómicas del gen de la leucemia de linaje mixto (MLL; tMLL) se correlacionan con la resistencia a la terapia y un pronóstico extremadamente malo para las personas con leucemia mieloide aguda (LMA). Los mecanismos subyacentes aún son desconocidos. Este estudio tiene como objetivo identificar los genes clave y los posibles mecanismos moleculares involucrados en el reordenamiento del MLL en la LMA utilizando un enfoque bioinformático.

Métodos: Los perfiles de expresión génica de 15 individuos con duplicación parcial en tándem del gen MLL (MLL-PTD)-AML y 10 muestras de tMLL-AML se descargaron de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO). Se seleccionaron los genes expresados ​​diferencialmente (DEG) y se realizaron análisis de enriquecimiento funcional. La red de interacción proteína-proteína (PPI) se estableció y visualizó en Cytoscape. Los genes centrales se identificaron mediante CytoHubba y los módulos significativos se filtraron mediante Molecular Complex Detection (MCODE).

Resultados: Clasificamos un total de 885 DEG que comprendían 330 genes sobreexpresados ​​y 555 sobreexpresados. La mayoría de los DEG se enriquecieron significativamente en el transporte transmembrana de iones de calcio, la morfogénesis del sistema esquelético embrionario y los procesos de proliferación celular. Se enriquecieron varias vías, incluidas las asociadas con la señalización de PI3K-Akt y la resistencia a la insulina. Identificamos 32 genes centrales y descartamos 2 módulos.

Conclusión: Los genes que hemos identificado en este estudio pueden representar biomarcadores potenciales para la leucemia mieloide aguda (LMA) reordenada por MLL y contribuir al desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas.