La microbiología aplicada es una disciplina científica que se ocupa de la aplicación de los microorganismos y el conocimiento sobre ellos. Las aplicaciones incluyen biotecnología, agricultura, medicina, microbiología de alimentos y biorremediación.
La microbiología aplicada es el estudio del mundo microbiano y la forma en que interactúa con el nuestro. Analiza cómo podemos aprovechar y utilizar los poderes de los microbios en áreas que van desde la biotecnología hasta el control de plagas, las biorrefinerías y las aplicaciones farmacéuticas.